Phần 1

Phần 1 xoay quanh cuộc phiêu lưu của Noah ở Haven. Anh ta mang nhiều loài vật từ quá khứ đến Haven và du hành đến nhiều thời điểm như Phương Bắc Băng Giá, Haven, hay thời điểm trước khi sao Nemesis đâm vào Trái Đất, anh đã đánh động đến ban Tam Hùng (Triumvirate) ở Phương Bắc Băng Giá và Chúa Tể Bóng Tối (Shadow Master) ở Haven. Đây là nguyên nhân dẫn đến một chuỗi các sự kiện tiết lộ thân phân thực sự của Chúa Tể Bóng Tối, và mục tiêu của ông ta là thu thập đủ Lôi Thạch để trở nên bất tử. Noah và các bạn lên kế hoạch hủy diệt nhân Sao chổi Nemesis Comet mà gần đây đã được tìm thấy bởi Chúa Tể Bóng Tối. Họ phá hủy nó bằng cách cho nó nổ cùng bằng cách đốt cháy một lượng lớn muối cùng với nó. Chúa Tể Bóng Tối chết cùng với nhân sao chổi. Bản chất thực sự của Tao được tiết lộ còn các tay sai của hắn thì chạy trốn.

Phần này cũng được phát hành trên bộ 3 DVD bởi Hãng Giải trí Umbrella vào 28 tháng 1 năm 2008.[2]

Phần 2

Khi Chúa Tế Bóng Tối và thuộc hạ bị đánh bại, Noah quay về Phương Bắc Băng Giá những anh vẫn nhớ đến Haven và đã quay trở lại đó. Khi Noal đến Haven, anh ta nhận ra mình đã mắc kẹt tại đó vì không còn Lôi Thạch cung cấp năng lượng nữa, hay ít nhất là gần như vậy. Trong phần này, câu chuyện xoay quanh việc tìm ra một khối Lôi Thạch lập phương khổng lồ, và Noah biết về những kẻ vượt ngục từ tương lai, Mayah và anh em của cô ta, những kẻ đã giấu khối Lôi Thạch dưới hồ. Sau khi lấy được nó, Noah nhận ra rằng anh cần phải quay về quá khứ và dùng nó để hủy diệt hoàn toàn sao chổi Nemesis trước khi nó đâm vào Trái Đất. Phần này kết thúc với việc Noah dùng năng lượng của nó để tiêu hủy sao chổi, vì thế nên trớ trêu thay, tất cả những gì xảy ra trong phần 1 không còn nữa, theo lời của anh: "Chúng không xảy ra trong chiều không gian này". Cũng vì thế mà Mayah và anh em cô ta bị xoá sổ khỏi dòng thời gian, và Trái Đất có một tương lai tươi sáng hơn. Các mảnh vở của sao chổi tạo thành một vành đai quay quanh Trái Đất, dẫn đến các sự kiện trong phần 3.

Phần 3

Noah được công nhận là thần đồng, phần này bắt đầu với việc thử nghiệm thiết kế hố giun mà anh tìm ra. Chúng cho phép con người tiết lập thuộc địa trên không gian. Những người đến từ tương lai muốn ám sát Noah khi anh ta còn trẻ, bởi vì họ cho rằng Noal trong tương lai đã giết bố mẹ họ. Phần này diễn biến với việc Noah cố gắng tìm ra sự thực chuyện gì đã xảy ra và thiết lập hoà bình cho mọi người.